La "Regla Final" de normas orgánicas del Programa Nacional Orgánico se aplicó a escala nacional. Gracias a cientos de miles de comentarios públicos, la Regla Final ya no permitía los "tres grandes" -irradiación, organismos modificados genéticamente (OMG) y lodos de depuradora- en la agricultura orgánica.
Se promulga la Ley de Productos Ecológicos de California (COPA) de 2003. A partir de 2003, todos los productos vendidos en California que contuvieran menos de un 70% de ingredientes orgánicos no podrían utilizar la palabra "orgánico" en el panel frontal. Sin embargo, más tarde en 2003, la Asamblea del Estado derogó la disposición no alimentaria de la COPA.
Con la implementación final de las normas federales de certificación orgánica bajo el NOP, el USDA determinó que las agencias de certificación acreditadas debían estar libres de conflictos de intereses. Esto significaba que los miembros certificados de CCOF ya no podían supervisar el mismo programa de certificación que certificaba sus propios negocios. Se encontró una solución en la formación de una Sociedad de Responsabilidad Limitada (SRL), separada de CCOF, Inc. dirigida por sus miembros, la asociación comercial políticamente activa. Los miembros no certificados de la comunidad orgánica dirigen ahora CCOF Certification Services, LLC, mientras que CCOF, Inc., sin ánimo de lucro y basada en sus miembros, conserva el control del nombre, el sello y el presupuesto. Más información sobre la estructura de CCOF.
La Fundación CCOF se creó para invertir en la próxima generación de agricultores, proporcionar formación a los actuales y futuros profesionales de la agricultura ecológica y ofrecer ayuda a las empresas orgánicas que la necesiten.
Como miembro de la coalición Californianos por una Agricultura Libre de Transgénicos (CGFA), el CCOF luchó frontalmente contra la industria biotecnológica y ganó la batalla para revocar la decisión del Estado de permitir la plantación en California de arroz farmacéutico transgénico que contiene genes humanos.